一些城市的一些化粪池没有及时清理。它会延长使用寿命，并容易造成隐患。一方面，化粪池的处理能力降低，另一方面，容易造成沼气溢出，可能引起沼气严重爆炸。因此，化粪池应定期清理。通常，化粪池的清洁周期不超过1年。
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化粪池的停留时间是关系污水处理效果和化粪池容积与造价的重要指标。停留时间过短， 则污水处理效果差；停留时间过长，又增加化粪池容积与造价，且布置困难。停留时间的取定，应兼顾污水处理效果与建设造价两方面因素因考虑到发酵产生气泡对沉淀要求的层流状态的影响，化粪池流线转折多对沉淀的不利影响，生活污水排放的瞬时变化大对进水流量均匀的影响，化粪池的停留时间应留有余地。《规范》要求：停留时间取12～24小时。实践证明：停留时间不宜少于12小时，以保证污水处理效果。
化粪池主要是传统的三级化粪池，其作用为沉淀截留粪便，一般需经过30天厌氧发酵，减少粪便容积，降低污水浓度后汇入生活污水排放管网。但当化粪池底部因粪渣沉淀板结，导致留给粪水 发酵的空间及时间不足，就直接影响无害化处理的效果。当粪渣板结达到一定高度后，粪便就相当 于未经任何处理直接排出化粪池，此时，化粪池即已属名存实亡，沦为“过粪池”，不具任何化粪 效果。