按照化粪池的技术标准，化粪池的污泥清掏时间一般为90天、180天、360天，被清掏的污泥可以作为有机肥料，或者进行无害化处置。但是，随着化肥的广泛使用，社会的发展，使用粪便肥料越来越少，与此同时，我国污泥处置行业严重滞后，粪便污泥的无害化处理不足，我国13.6亿人每年产生超亿吨的粪便污泥，根据统计局数据，2012年无害化处理的粪便污泥只有801.4万吨。大量粪便污泥的清掏转移，造成了二次污染。因此，如果不能解决化粪池污泥的无害化处置问题，化粪池污泥就会成为水污染的污染源，化粪池问题是关系水污染治理成效的环保问题。
在化粪池密封程度较高的情况下，如果沼气满溢，可能造成沼气爆炸。当化粪池形同 虚设，将加大污水处理厂的压力。 化粪池引发的危害屡屡发生，如清掏人员下去化粪池里结果因为沼气中毒上不来了，也有把 烟头无意中扔进了化粪池中引起爆炸的。 因此，定期清理化粪池是很有必要的。
化粪池是利用沉淀和厌氧发酵原理去除生活污水中悬浮性有机物的处理设备。波纹玻璃钢化粪器内部设有隔板，隔板上的孔上下错位，不易形成短流，并将整下罐体分成三部分；一级厌氧室、二级厌氧室和澄清室，一级、二级厌氧室底部相通，内部加有“MDS专用特型填料”。这样的分隔减少了污水与污泥的接触时间，使酸性发酵和碱性发酵两个过程互不干扰，同时填料的存在增加了污水污泥与的接触表面积，大大提高了反应效率。
井盖打开后，10 - 15分钟，人们不站在池边，禁止在泳池边点火或吸烟，以防止燃烧的人燃烧甲烷。人们不在泳池里工作以防止人们中毒或掉入水中。化粪池的人孔盖打开后，工人不能离开现场。清洗完毕后，盖上盖子，防止行人掉进井里。
粪便污水、化粪池清洗作业标准去除及妥善处理。确保化粪池内所有化粪池的污水不溢满。如化粪池污水溢出等异常情况，应在接到通知后8小时内处理。在清理化粪池的过程中，应采取相应的防范措施。