主工艺流的分区也要考虑生产计划安排的要求，有的车间是单线生产，但有的车间是多产品共线的，企业不望一个生物反应器长期生产不饱和，需要尽可能多的去生产，或者在产品的新增过程中扩大批量，但不想扩大反应器，而是增加一个相同体积的反应器，这样的扩大批量比较容易实现扩大，风险较小。如果是多品种共线还要考虑是两品种交叉生产还是阶段性生产，基于这样的考虑对于防止交叉污染的措施就要考虑的充分一些。
对于辅助生产区的功能分区要和主生产区进行合理配合，清洗和区域要和服务的主工艺流区域靠近，如果为多个公共服务区，那么要尽可能的居中布置，为物品传递提供便利。物料储存区的设计要便于物料进出，减少长距离的传输，设备的辅机间要设计在洁净区外面，在非洁净区进行维护保养。以笔者的经验，在合理的位置增加中控区，可减少来往实验室的次数，有利于提升工作效率。
该项目中试车间主要为颗粒剂、片剂和胶囊剂三种剂型产品服务，洁净区采用全室净化与局部净化相结合的净化处理方式，既能保证室内具有一定洁净度，又能在局部区域实现高洁净度环境，从而达到既满足生产对高洁净度环境的要求，又节约能源的双重目的。采用的过滤器是以0.1um尘粒为标准，实现超高洁净度。
物料净化方面依据以下原则：
1、医药洁净室的原辅料、包装材料和其他物品出入口,设置物料净化用室和设施。
并在岀入口设置供物料、物品用的室和设施。
2、物料清洁室或室与医药洁净室之间设置气锁或传递柜，气锁的静态净化级别与其相邻高级别医药洁净室一致。
3、传递柜密闭良好,易于清洁。两边的传递门设有防止同时被开启的措施，传送至无菌生产洁净室的传递柜设有相应的净化设施。
4、医药洁净室产生的废弃物设有传出通道，易产生污染的废弃物设置单独的出口，具有活性或毒性的生物废弃物灭活后传出。