北京大学肿瘤医院胃肠肿瘤中心二病区拥有的胃肠肿瘤诊疗和研究团队，比肩国际胃肠诊疗中心。共开放床位29张，专长于进展期胃肠肿瘤的手术和综合、早期胃癌的保留功能手术、低位直肠保肛手术等。主治病种包括胃癌、结直肠癌、胃肠道间质瘤和其他少见胃肠道肿瘤。在多学科讨论的基础上，为每一位患者制定和实施为合理的诊疗规划。在中心主任季加孚院长的直接领导下，科室秉承北京大学肿瘤医院的优良传统，追求，不断进步，在临床、科研、教学等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持稳健、严谨工作作风的同时，走上了高速发展的快车道。科室人员结构：1、人员构成：主任医师3人，副主任医师6人，主治医师7人，住院医师2人，护理人员17人。2. 科室主要领导：胃肠肿瘤中心主任季加孚，科主任步召德，护士长赵旻。
科室特色包括：微创手术、外科、疑难手术、功能保留手术、快速康复、病人全程管理。
胃肠肿瘤中心三病区是以消化道肿瘤为主要病种，特别是对结直肠肿瘤的，科室长期以来，坚持以“病人为中心”，消化道肿瘤，特别是综合方面积累了丰富的经验。科室主任顾晋教授现任中华肿瘤学会全国副主任委员，中国协会大肠癌专业委员会副主任委员，并为美国外科学院外籍会员（FACS）。在结直肠癌的方面积累了丰富的经验，科室坚持多学科联合查房，每周进行包括肿瘤影像，肿瘤内科及放疗科，病理科等多学科会诊，坚持为病人带来符合国际规范的综合。对胃癌的综合规范化也具有相当的经验。科室现有主任医师3名，副主任医师3名，主治医师3名，住院医师2名，高年医师均具有留学经历，大多具有博士、硕士学位。科室承担国家及省部级多项科研项目，每年在国际知名杂志上发表多篇专业论文。胃肠外二科注重瞄准国际消化外科发展前沿，与世界多个知名的结直肠外科中心建立联系，包括美国，法国，英国等多个国家的知名专家均曾多次莅临我科进行学术交流，胃肠外二科近年来所取得的成绩也得到国际同行的认可。
乳腺癌预防中心提供乳腺肿瘤诊断及方面的医疗服务。本中心于1998年在北京市重点学科专项资助下组建。2004年结构调整，成为具备乳腺肿瘤诊治功能的一级临床科室，功能涵盖乳腺癌筛查，乳腺病变的诊断，原发性乳腺癌、随访及康复指导，复发性乳腺癌，同时开展相关临床与基础研究。
2021年科室医生总人数30人，正高职称人数6人，副高职称人数8人，中级职称人数13人，初级师人数3人。按学历划分：博士21人，硕士4人，本科4人，专科1人。科室主任：欧阳涛，副主任：范照青、何英剑。护士长：于新颖、徐京燕、孙红娟。
本中心由门诊诊室4间、住院床位64张、门诊穿刺室、超声影像诊断室等部分组成。
“依据循证医学原则，结合研究成果，提供规范的、专业化的医疗服务，保障乳腺肿瘤的总体疗效”是“中心”的任务，“提供高品质的医疗服务，做出有指导意义的研究成果”是“中心”团队追求的目标。
北京大学肿瘤医院介入科创建于1996年，是一个独立的、有鲜明特色的临床科室。目前介入病房有34张床位，医师13人，其中正高职称医生2人，副高职称5人，中级职称4人，住院医师3人，在读研究生4人。科室配备了GE大平板血管造影系统(4100IQ)，具有大视野DSA功能、三维血管成像和CBCT成像功能，三维血管容积成像使经血管的肿瘤介入准确性和性明显提高，同时完成的CT断层重建使经皮穿刺介入功能进一步完善。目前正在安装配置国际Siemens Miyabi Angio-CT系统，该系统具有滑动64层螺旋CT功能和大平板数字化减影功能，并实现CT和DSA的真正融合，是现代影像学引导介入的典范，推动该科的介入达到国际先进水平。